Первый раз в кино Сергей Бодров оказался в маленьком эпизоде фильма Сергея Бодрова-старшего "СЭР" ("Свобода - это рай"). Это был фильм о тюрьме для малолетних преступников, и по сценарию режиссеру для короткого эпизода нужен был персонаж, стриженный наголо. Все артисты стричься наотрез отказались, тогда папа постриг собственного сына и поставил его в кадр.
Однако настоящий дебют Сергея Бодрова состоялся в фильме "Кавказский пленник" (1996), который также ставил его отец, режиссер Сергей Бодров-старший (в титрах актер тогда еще указывался как "Сергей Бодров-младший"). За эту роль он был удостоен приза фестиваля "Кинотавр" и премии "Ника" в номинации "лучшая мужская роль", разделив эти награды с сыгравшим в том же фильме Олегом Меньшиковым. Съемочная группа "Кавказского пленника" была удостоена Государственной премии Российской Федерации. Затем последовали главные роли в сверхуспешных фильмах режиссера Алексея Балабанова "Брат" (1997) (приз за лучшую мужскую роль на Чикагском международном кинофестивале) и "Брат 2" (2000), а также роли в фильмах зарубежных режиссеров Пола Павликовского "Стрингер" (The Stringer, 1998) и Режиса Варнье "Восток-Запад" (Est-Ouest, 1999), поставленных на российском материале.
В 2001 году Сергей Бодров дебютировал в режиссуре фильмом "Сестры", в котором сыграл небольшую роль-камео. "Сестры" были удостоены Гран-при фестиваля "Кинотавр" за лучший дебют, а исполнительницы главных ролей Оксана Акиньшина и Катя Горина были награждены Дипломом жюри за лучший актерский дуэт. В августе 2001 года фильм "Сестры" демонстрировался на Венецианском международном кинофестивале, а год спустя, в июле 2002 года, на Международном кинофестивале в Карловых Варах был удостоен специального приза "За свободу творческого самовыражения". В январе 2002 года фильм стал лауреатом премии Национальной гильдии кинокритиков и кинопрессы "Золотой Овен" по номинации "лучший дебютный фильм года" (по этому поводу Сергей даже пошутил: "Не понимаю я этих критиков: сначала ругают, а потом премию дают..."). Кроме того, фильм "Сестры" стал самым кассовым российским фильмом 2001 года - как по итогам кинопроката, так и по результатам видеопродаж, что было подтверждено премией профессионального журнала "Видео-Магазин".

На Московском Международном кинофестивале летом 2001 года состоялась премьера еще одного фильма Сергея Бодрова-старшего - "Давай сделаем это по-быстрому" (The Quickie, 2001), в котором у Сергея Бодрова была небольшая роль. А исполнитель главной роли Владимир Машков получил приз "за лучшую мужскую роль".

В том же 2001 году Сергей Бодров принял участие в качестве ведущего в reality-шоу "Последний герой" на телеканале ОРТ, а также снялся в еще двух фильмах Кинокомпании СТВ - "Война" Алексея Балабанова и "Медвежий поцелуй" Сергея Бодрова-старшего. Фильм "Война" вышел в российский кинопрокат в марте 2002 года, имел хорошие кассовые сборы и был удостоен Главного приза "Золотая роза" на фестивале "Кинотавр" в Сочи в июне 2002 года. Международная премьера фильма "Медвежий поцелуй" состоялась на Венецианском кинофестивале в августе 2002 года, а начало его кинопроката в России планируется на ноябрь.

Тем временем, в течение весны и лета 2002 года, Сергей Бодров работал над сценарием своего второго фильма, который получил рабочее название "Связной". Сценарий был утвержден продюсером Кинокомпании СТВ Сергеем Сельяновым. Сергей Бодров в этом фильме - мистической драме о нашем непростом времени - должен был стать режиссером и исполнителем одной из главных ролей. В июле-августе прошел кастинг и подбор технического персонала, и в начале сентября, после небольшой задержки (у Сергея в августе родился сын), съемочная группа вылетела на Кавказ на натурные съемки...
Съемочная группа Сергея Бодрова пропала в ночь на 21 сентября 2002 г., когда в Кармадонском ущелье Северной Осетии сошел ледник Колка. На сегодняшний день найдены 19 тел погибший людей, еще 106 человек, в том числе члены съемочной группы Сергея Бодрова, считаются пропавшими без вести. По некоторым данным, члены группы могли укрыться в системе из 4 тоннелей общей протяженностью в несколько сот метров, прорытых в конце 60-х годов, однако в тоннелях людей или тел погибших так и не было обнаружено.

Полная фильмография:
2002 - Связной (авт.сц., реж., акт.; работа над фильмом прекращена)
2002 - Медвежий поцелуй (акт.) (реж. Сергей Бодров-старший)
2002 - Война (акт.) (реж. Алексей Балабанов)
2001 - Давай сделаем это по-быстрому (акт.) (реж. Сергей Бодров-старший)
2001 - Сестры (авт.сц., реж., акт.)
2000 - Брат2 (акт.) (реж. Алексей Балабанов)
1999 - Восток-Запад (акт.) (Франция-Россия, реж. Режис Варнье)
1998 - Стрингер (акт.) (Великобритания-Польша, реж. Пол Павликовски)
1997 - Брат (акт.) (реж. Алексей Балабанов)
1996 - Кавказский пленник (акт.) (реж. Сергей Бодров-старший)
1992 - Белый король, красная королева (акт.) (реж. Сергей Бодров-старший)
1989 - СЭР (Свобода - это рай) (акт.) (реж. Сергей Бодров-старший)